El joven José Gregorio viajó a Caracas en 1878, con casi 14 años, para continuar sus estudios en el Colegio Villegas. Cuando tenía 17 años recibió una plaza para estudiar Medicina en la Universidad Central de Venezuela.
Su estancia en la UCV lo llevó por un camino donde destacó su dedicación al aprendizaje y la superación en su etapa formativa. logrando obtener el título de Médico el 29 de junio de 1888, a la edad de 24 años.
De allí partió hacia su querida tierra natal, Isnotú, el pequeño pueblo andino donde ejerció su profesión con gran mística hasta el año siguiente, concretamente el 30 de julio de 1889, cuando recibió una beca para continuar su formación fuera del país.
El gobierno de Venezuela, encabezado por Juan Pablo Rojas Paúl, otorgó el subsidio educativo al Dr. José Gregorio Hernández por recomendación de su profesor Calixto González, y así fue a prepararse para Europa. A finales de 1888 llega a París, Francia, donde estuvo en varios centros y con los más reconocidos expertos de la medicina francesa, lo que le permitió obtener conocimientos de alto nivel en temas como:
Microbiología: Amplió sus conocimientos en el laboratorio del profesor Charles Richet.
Histología: Estudiada en el laboratorio de Matthias Duval.
Fisiología experimental y patología experimental: se formó con el profesor Étienne Jules Marey.
En 1890 llegó a Berlín para continuar su etapa de suma de conocimientos y se incorporó al estudio de Bacteriología en el Instituto de Patología de la capital alemana, detalla el portal de la Universidad Experimental de Los Llanos Occidentales.
Un año después, regresó a Venezuela, con un gran maletín de proyectos para entregar lo aprendido a los estudiantes de medicina, por lo que fue creador de las cátedras de Histología Normal y Patológica, Fisiología Experimental y Bacteriología, y fundó el primer Laboratorio de Fisiología Experimental en el país, poniendo a Venezuela a la vanguardia de la medicina moderna en América Latina.
El entonces Presidente de la República, Raimundo Ignacio Andueza Palacio, asignó a Hernández la responsabilidad de adquirir los equipos y materiales para el laboratorio, consolidándose así la primera cátedra de Bacteriología en América el 6 de noviembre de 1891.
